Походження назви села достовірно не встановлено. Одна із версій така: оскільки русла річок, які протікають через село, глибокі, схожі на яри, то це і породило назву населеного пункту.
Проте у древніх актах Ярунь мав назву «Ярунское имение», ця обставина дозволяє припустити, що воно було засноване досі невідомим для нас Ярунем.
Таке ім’я — Ярун — мав боярин київський, брат Констянтина Васильовича, який загинув у битві з половцями 1170 р.
Головний провід над військом якоїсь округи у княжі часи мав тисяцький — організатор місцевого ополчення. Історія пам’ятає перемиського тисяцького Яруна (1213 р.) та київського тисяцького Давида Яруновича, «який з боярами гнав за половцями, та їх розбили».
У XIII столітті, після навали Батия, частина сіл та містечок при річці Случ уклали угоду з татарами. А. Поліщук у газеті «Лесин край» (№ 54, 1997 р.) пише, що йому жителі села розповідали, що в давнину, ще за татар, селом володів якийсь татарський старшина, і можливо, що якийсь Ярун, котрий перебував на татарській службі, в ту пору володів селом, названим пізніше його іменем.
Час зберіг переказ про те, що село заснував воєвода Ярун. Найраніше воєводи, як управителі окремих територіальних одиниць, з’являються у Руському воєводстві (1432 p.); Подільському воєводстві (перша згадка 1435 p.).
В Удмуртії (Росія) одне із сіл носить назву Ярунь. Можливо, воно отримало назву від колишніх переселенців чи депортованих краян.
Археологічні матеріали свідчать, що територія краю була заселена вже у добу пізнього палеоліту (близько 15 тис. років тому).
В урочищі Пасіка, на горбах якого у минувшині росли ліси і в якому петляє між високими берегами річка Церем, довжина якої становить 58 км, та і на теренах Яруня, знаходили кам’яні сокири, ножі, молотки.
Місцевість Ярунщини була багата на поклади граніту, торфу, піску, а ліси, багаті на звірину, приваблювали мисливців, луки і річки — пастуші племена, а родючі землі — землеробів, про що свідчать поховання IV–III ст. до н. е. в урочищі Пасіка.
29 червня 1960 року Ярунь об’єднали з селами Малим Молодьківим та Юрківщиною.
